La conferenza di Wannsee si svolse il 20 gennaio 42 presso il lago di Wannsee (zona Potsdam) e raccolse il vertice dell'apparato nazista; Hitler era assente. Avrebbe dovuto svolgersi un mese prima ma l'attacco giapponese a Perl Harbour la fece slittare. Parteciparono
Heydrich era l'organizzatore e aveva avuto da Hitler l'incarico di organizzare lo sterminio degli ebrei. Oltre a Hitler si può notare l'assenza di Himmler e di Goering.
La conferenza pianificò lo sterminio di 11 milioni di ebrei. Heydrich relazionò in tal senso.
Heydrich aprì la riunione annunciando di aver i pieni poteri concessigli da Göring per preparare la soluzione finale in Europa e che la responsabilità generale spettava al suo superiore, Heinrich Himmler. Affermò inoltre che suoi uffici avevano l'onere della direzione centrale della soluzione finale, indipendentemente dalle frontiere. In seguito delineò un panorama della politica d'emigrazione e citò delle statistiche sul numero degli ebrei emigrati; come alternativa all'emigrazione annunciò che il Führer aveva dato il suo consenso al trasferimento degli ebrei verso est come prossima «possibilità di soluzione» (Lösungsmöglichkeit). Il capo dell'Rsha tracciò infine un quadro di quelle comunità ebraiche che dovevano essere evacuate.
Nel verbale fu conteggiata la popolazione ebraica di ogni paese europeo, compresi coloro al di fuori della sfera d'influenza tedesca riferita solo agli "ebrei per religione" (Glaubensjuden), poiché la «definizione di ebreo secondo criteri razziali» in base alle leggi di Norimberga non era stata introdotta in tutta Europa. Nell'elenco di Heydrich comparivano i 4.000 ebrei che vivevano in Irlanda, i 3.000 del Portogallo, gli 8.000 in Svezia e i 18.000 in Svizzera. Si trattava di quattro paesi neutrali, la cui inclusione nella lista lasciava intendere come, in un futuro non troppo remoto e a guerra vinta, il Terzo Reich sperasse di trovarsi nella posizione di indurli a consegnare le proprie minoranze ebraiche da destinare allo sterminio.
A fine pagina Heydrich tornò a parlare del suo progetto di soluzione finale, affermando che avrebbe riguardato «circa 11 milioni di ebrei», benché (notò con disapprovazione) si trattasse in molti casi solo di individui che professavano il giudaismo, «dato che alcuni paesi non fanno ancora uso di un'accezione razziale del termine ebreo».
In questo prospetto statistico colpisce il fatto che l'Estonia fosse già stata definita "libera dagli ebrei" e sorprendono le cifre riferite agli altri due paesi baltici: sulla base delle informazioni fornite dall'enciclopedia corrente all'epoca, la Großes Brockhaus, è facile rilevare che nell'Estonia d'anteguerra vivessero 5.000 ebrei, in Lettonia 100.000 e in Lituania 155.000, quando invece il documento parlava solo di 3.500 e 34.000 ebrei rispettivamente per Lettonia e Lituania. Per questi paesi, dunque, il Rsha aveva già preventivato e messo in conto il numero delle persone eliminate fisicamente, rivelando implicitamente il dato degli ebrei uccisi in un documento ufficiale.
Successivamente Heydrich spiegò cosa sarebbe successo agli ebrei evacuati: sarebbero state organizzate enormi colonie di lavoro, nelle quali le condizioni di vita proibitive avrebbero fatto sì che questa manodopera «si eliminerà da sé per il suo stato di insufficienza fisica» (wobei zweifellos ein Großteil durch natürliche Verminderung ausfallen wird). I sopravvissuti, cioè gli ebrei più resistenti, sarebbero stati «trattati di conseguenza» poiché, secondo l'immaginario nazista, la storia aveva già dimostrato come i semiti superstiti fossero portatori dei germi di una nuova rinascita giudea. Heydrich non si attardò a spiegare il significato di «trattamento», ma in base al linguaggio dei rapporti delle Einsatzgruppen si sa che alludeva alla loro condanna a morte.
Gli ebrei dunque, privi di adeguate razioni di cibo, in condizioni di schiavitù, sarebbero semplicemente morti di fatica e di fame. Vista la penuria di manodopera che sempre più affliggeva l'economia di guerra tedesca, il ricorso a braccianti ebrei sembrava inevitabile; in definitiva, non si trattava di un'alternativa alla loro eliminazione, ma solo di un modo diverso di ottenerla. Il quasi incidentale riferimento all'inabilità lavorativa della maggior parte degli ebrei del Governatorato Generale, espressa durante la riunione da Bühler, unitamente alla dichiarazione che i sopravvissuti ai lavori forzati sarebbero stati uccisi, indicò che scopo principale della conferenza era discutere la logistica dello sterminio. I presenti alla villa di Wannsee ne erano perfettamente consapevoli.
Heydrich comunicò che le deportazioni sarebbero procedute da ovest verso est, sia per ragioni pratiche legate alla penuria di alloggi, sia per ragioni di «politica sociale», per le quali i territori del Reich e del Protettorato avrebbero avuto la priorità. Durante la seduta fu affrontato il problema del diverso trattamento da riservare a certe categorie di ebrei; Heydrich indicò che dalla deportazione sarebbero state escluse le persone con più di 65 anni, i decorati e gli invalidi di guerra, da sistemare in uno speciale «ghetto per anziani» (Altersghetto): la città di Theresienstadt in Cekia fu considerata come sito ideale. Gli ebrei tedeschi che si erano distinti durante la prima guerra mondiale sarebbero stati dunque trasferiti lì, in modo tale da rendere superflui tutti gli interventi a titolo individuale. Successivamente evidenziò come l'inizio delle «singole e più consistenti operazioni di evacuazione» sarebbe dipeso in grande misura «dagli sviluppi militari», mettendo dunque in chiaro che la successiva ondata di deportazioni e l'avvio del grande programma di evacuazione (cioè la futura soluzione finale) avrebbero avuto luogo non prima della successiva primavera.
Delle discussioni fu tenuto verbale da Adolf Eichmann che lo fece battere a macchina e ne inviò una copia a cisacuno dei partecipanti; l'immagine riporta la pagina con la lista degli ebrei da sopprimere
una copia del verbale sfuggì alla distruzione